О.Иаков был арестован органами НКВД вместе с сыном, в то время диаконом, о.Павлом, по ложному доносу. Обвинение было выдвинуто против них на том основании, что при обыске нашли листы со словами известного в то время духовного канта "Роковой XX век", который верующие переписывали и передавали из рук в руки.
О.Иаков умер в тюрьме г.Самары. Известие о его смерти пришло его сыну, о.Павлу, 29.05.1932г. Ни причин смерти, ни места захоронения указано не было. О.Павел отслужил обедню и панихиду об умершем родителе.